Le 7 mai 2003, Taylor a été inculpé par le TSSL de 17 chefs d’accusation de crimes de guerres et crimes contre l’humanité. Sous pression de la communauté internationale, Taylor a dû démissionner le 11 août 2003.
Le 23 juillet 2003, Taylor s’est opposé à son inculpation et au mandat d’arrêt issus contre lui, invoquant l’immunité liée à son statut de Chef d’Etat. Le 31 mai 2004, la Chambre d’appel du TSSL a considéré qu’un principe de droit international établit que l’égalité souveraine des Etats n’empêche pas un chef d’Etat d’être poursuivi par une cour ou un tribunal pénal international.
Les charges portées contre Taylor par le TSSL comprennaient des crimes contre l’humanité (pour extermination, meurtres, viols, esclavagisme) et des crimes de guerre (pour actes de terrorisme, punitions collectives à l’encontre de la population civile, atteintes à l’intégrité physique et mentale, atteinte au droit à la vie et à la dignité, pillages, enlèvements). Ces actes ont notamment été commis sur des civils, du personnel humanitaire et médical ainsi que sur des membres des missions de maintien de la paix de l’ONU. L’inculpation concernait aussi l’enrôlement de nombreux enfants de moins de 15 ans dans les forces armées. Selon l’acte d’accusation, le RUF et l’AFRC avaient les mêmes plans et objectifs, formant ainsi une « entreprise criminelle commune » avec Taylor : l’accomplissement d’actions conjointes nécessaires à la prise du pouvoir et au contrôle sur le territoire Sierra Léonais, en particulier les régions dans lesquelles se situaient les mines de diamants.
Lors d’une tentative ratée de s’échapper du Nigéria, Taylor a été arrêté le 29 mars 2006 à la frontière avec le Cameroun. Il a directement été livré au TSSL, situé à Freetown. Taylor a plaidé non coupable de tous les chefs d’accusation. Le 30 juin 2006, pour des raisons de sécurité, le Conseil de Sécurité des Nations Unies a autorisé le transfert du procès de Taylor vers La Haye. Les chefs d’accusation sont réduits à 11 afin de raccourcir la durée du procès.
Le procès a commencé à la Haye le 4 juin 2007, en l’absence de Taylor, qui a refusé de comparaître estimant ne pas avoir droit à un procès équitable. La reprise du procès a ensuite plusieurs fois été reportée afin de régler des questions administratives. Le procès a finalement repris le 7 janvier 2008 avec la présentation des preuves du procureur, jusqu’au 27 février 2009. Le procureur a appelé 91 témoins à la barre. L’argument principal du procureur est que Taylor a soutenu et fourni un entraînement militaire aux rebelles du RUF et de l’AFRC et que, bien qu’il savait ou aurait dû savoir que de multiples crimes étaient commis, il n’a pas pris de mesures appropriées pour y mettre fin et pour punir les responsables.
La présentation des moyens de preuve par la défense a commencé le 13 juillet 2009 et s’est terminée le 12 novembre 2010, après l’audition de 20 témoins, dont Taylor lui-même. La défense a notamment affirmé que Taylor était un « faiseur de paix » qui tentait, en tant que président du Libéria, d’aider à atteindre une solution négociée au conflit en Sierra Leone. La défense a soutenu que le procès de Taylor était une « conspiration occidentale » pour le faire quitter le pouvoir.
Le 11 mars 2011, le tribunal s’est retiré pour délibérer.
Le 31 janvier 2012, les avocats de Taylor ont demandé une réouverture du procès afin de soumettre au Tribunal un rapport du panel d’experts des Nations Unies sur le Libéria, publié en décembre 2011. Selon ce rapport, des mercenaires libériens agissaient en Côte d’Ivoire sans être sous un contrôle unifié. Les avocats de Taylor ont affirmé qu’une analogie devait être faite avec la situation en Sierra Leone dix ans plutôt, lors de laquelle les mercenaires auraient agi sans contrôle de Taylor. Les juges ont unanimement rejeté cette demande le 10 février 2012.
Le 26 avril 2012, à l’unanimité, la Chambre de première instance du TSSL a déclaré Taylor complice de crimes de guerres (actes de terrorisme, meurtres, atteintes à la dignité personnelle, traitements cruels, enrôlement d’enfants de moins de 15 ans afin de les faire participer directement aux hostilités et pillages) et de crimes contre l’humanité (meurtres, viols, esclavage sexuels, esclavage, autres actes inhumains).
Le 3 mai le procureur a réclamé une peine de 80 ans de prison.
Le 30 mai 2012, le TSSL l’a condamné à une peine unique de 50 ans de prison. Il purgera sa peine en Grande-Bretagne en vertu d’un accord avec le TSSL.
Le 19 juillet 2012, le Procureur et la Défense font appel du verdict de culpabilité et de la décision de condamnation.
Le Procureur fait appel contre le refus de la Chambre de prononcer Taylor coupable d’avoir ordonné et incité la perpétration de crimes, l’exclusion des crimes perpétrés dans 5 districts et la peine de 50 ans de prison, qu’il estime trop faible.
La Défense, quant à elle, fait appel de plusieurs points de faits concernant l’implication de Taylor dans certaines attaques. En outre, elle soumet que la peine de 50 ans de prison n’est manifestement pas raisonnable et soulève certaines irrégularités de procédure (notamment le manque de délibérations entre les juges et la participation de la juge Julia Sebutinde au procès après avoir été nommée juge à la Cour Internationale de Justice).
Le 22 janvier 2013 s’est ouvert le procès en appel. Les audiences ont duré deux jours, au cours desquelles la défense et l’accusation ont présentés à la Chambre d’Appel leurs arguments puis les juges se sont retirés pour délibérer. Cette condamnation est confirmée en appel le 26 septembre 2013, faisant de Taylor le premier ex-chef d’État à être définitivement condamné par un tribunal international depuis la Seconde Guerre Mondiale.
Suite à cette décision, Taylor a été transféré en Octobre 2013 à la prison de Frankland, à Durham, au Royaume-Uni. Dans une lettre de trois pages en date du 10 octobre 2013, Taylor a demandé à purger au Rwanda sa peine de 50 ans de prison pour crimes de guerre, plutôt qu’au Royaume-Uni. Taylor explique qu’il serait plus facile et moins cher pour sa famille de lui rendre visite au Rwanda. Il dit aussi craindre d’être la cible d’agressions dans une prison britannique.
Le 24 mars 2015, la Chambre de première instance du TSSL a rejeté la requête visant au transfert de Taylor. La Chambre a en effet estimé que la présence du condamné au Rwanda était susceptible de compromettre la paix, la sécurité et la stabilité de la région d’Afrique de l’ouest. Le tribunal a également affirmé que la détention de Taylor était conforme aux standards internationaux, et n’était pas de nature à violer son droit à une vie familiale normale. Finalement, les juges ont souligné que les prisonniers ne bénéficiaient pas du droit de choisir le lieu de leur incarcération.
AFFAIRE CIVIE AUX ETATS UNIS
Le 23 mars 2018, deux citoyens Américano-Libériens ont déposé une plainte civile contre Taylor et plusieurs autres individus devant la Cour du district du Massachusetts à Boston. Cette plainte fut déposée sur le fondement du « Justice Against Sponsors of Terrorism Act » et du « Torture Victim Protection Act. »
Ils sont accusés d’être les auteurs d’atrocités commises contre la population civile pendant la guerre civile, notamment violence, torture et viol.
Le 26 avril 2018, les accusés ont été assignés et priés de répondre à la requête dans un délai de 21 jours.