Katanga a été arrêté au début du mois de mars 2005 par les autorités congolaises en même temps que huit autres membres de différents groupes armés de l’Ituri.
Katanga, qui était détenu au Centre pénitentiaire de Kinshasa, le CPRK, depuis son arrestation, a été remis par les autorités congolaises et transféré à la Cour pénale internationale (CPI), à La Haye aux Pays-Bas, le 17 octobre 2007. Un mandat d’arrêt avait été délivré sous scellés par la Chambre préliminaire I de la CPI à son encontre le 2 juillet 2007. Les scellés ont été levés le 18 octobre 2007.
Sa comparution initiale a eu lieu lundi 22 octobre 2007.
Le 10 mars 2008, la Chambre préliminaire I a décidé de joindre les affaires de Germain Katanga et de Mathieu Ngudjolo Chui.
Le 26 septembre 2008, la Chambre Préliminaire I a rendu la décision sur la confirmation des charges contre Katanga. La Chambre a confirmé les charges suivantes qui auraient été commises à Bogoro entre janvier et mars 2003 :
-« Utilisation d’enfants de moins de quinze ans pour prendre une part active aux hostilités constituant un crime de guerre»
-« Attaque intentionnellement dirigée contre des civils constituant un crime de guerre»;
-«homicide intentionnel constituant un crime de guerre» ;
-«destruction de propriétés constituant un crime de guerre» ;
-«pillage constituant un crime de guerre»;
-«esclavage sexuel constituant un crime de guerre»;
-«viol constituant un crime de guerre» ;
-«meurtre constituant un crime contre l’humanité»;
-«viol constituant un crime contre l’humanité» ; et
-«esclavage sexuel constituant un crime contre l’humanité».
Le procès débuta le 24 novembre 2009. Katanga a plaidé non coupable.
Le 12 juillet 2010, la Chambre d’appel a confirmé la décision de la Chambre de première instance de rejeter une requête soumise par la Défense en suspension de la procédure à son encontre en raison de son arrestation et détention prétendument illégales en RDC avant sa remise à la Cour.
Le 7 mars 2014, la chambre de première instance II de la CPI a déclaré Katanga coupable, en tant que complice d’un chef de crime contre l’humanité (meurtre) et de quatre chefs de crimes de guerre (meurtres, attaque contre une population civile, destruction de propriétés et pillage) commis le 24 février 2003, lors de l’attaque lancée contre le village de Bogoro.
Le 9 avril 2014, contestant la totalité du jugement prononcé à son encontre, Katanga a décidé de faire appel de la décision. De son côté le procureur a fait appel de l’acquittement prononcé en faveur de Katanga concernant les charges de crimes sexuels déposées contre lui.
Le 23 mai 2014, la majorité de la Chambre de première instance II a condamné Katanga à 12 ans d’emprisonnement. En outre, la Chambre a ordonné que la durée de sa détention du 18 septembre 2007 au 23 mai 2014 soit déduite de sa peine totale.
Le 25 juin 2014, la Défense ainsi que le Bureau du Procureur se sont désistés de leurs appels contre le jugement rendu le 7 mars 2014. Ainsi, le jugement est devenu définitif.
Le 13 novembre 2015, la Chambre d’appel a réexaminé la peine de Katanga et a décidé de la réduire de trois ans et huit mois. Les trois juges de la Chambre d’appel ont décidé de fixer la fin de sa peine au 18 janvier 2016. La Chambre a basé sa décision sur les facteurs suivants : la volonté de Katanga de coopérer avec la Cour dans ses enquêtes et poursuites, le comportement de Katanga en détention qui a démontré qu’il désavoue ses crimes, l’existence de possibilités de resocialisation et de réinsertion réussie de Katanga et un changement dans ses circonstances personnelles.
Le 24 novembre 2015, la CPI et la RDC ont finalisé un accord ad hoc, exprimant la volonté de la RDC d’accepter Katanga et Thomas Lubanga Dyilo, un autre condamné de la CPI, pour l’exécution de leurs peines d’emprisonnement. Le 8 décembre 2015, la Présidence de la CPI a décidé que les peines de Katanga et Lubanga seraient exécutées sous la supervision de la CPI en RDC, conformément au Statut de Rome.
Le 19 décembre 2015, Katanga et Lubanga ont quitté le centre de détention de la CPI à La Haye, pour rejoindre Kinshasa, où ils purgent désormais leurs peines.
Le 30 décembre 2015 un procureur militaire de la RDC a porté de nouvelles charges contre Katanga pour des faits ayant eu lieu avant son arrestation par la CPI et non-reliés à l’attaque contre le village de Bogoro, pour laquelle la CPI l’avait déjà condamné.
Katanga a été accusé de crimes de guerres pour la conscription et l’enrôlement d’enfants de moins de 15 ans dans les forces armées ou pour les avoir fait faire participer activement à des hostilités en Ituri entre 2003 et 2005. Il a également été accusé de crimes contre l’humanité pour le meurtre de 14 personnes à Bunia en 2003, ainsi que pour les meurtres effectués dans différents villages en Ituri entre 2002 et 2005, avec l’aide de ses soldats.
Il a été inculpé avec trois autres accusés, Floribert Ndiabu Ngabu, Shariff Manda et Pierre Célestin Iribi Mbodina, qui avaient été interpellés comme témoins de la défense de Katanga devant la CPI.
En raison de ces nouvelles charges, Katanga n’a pas été libéré à le 18 janvier 2016.
Le 3 février 2016, le procès a commencé devant la Haute Cour militaire à Kinshasa.
Le 29 février 2016, le procureur général a demandé l’autorisation du Président de la CPI pour la poursuite de Katanga devant les autorités nationales, tel que requis par le Statut de Rome et l’accord entre la CPI et la RDC pour l’exécution de la peine de Katanga.
Le 7 avril 2016, la Présidence de la CPI a approuvé la demande de la RDC de poursuivre Katanga devant la Haute Cour Militaire de Kinshasa. La présidence a estimé que les poursuites nationales « ne pourraient porter atteinte à certains principes fondamentaux ou procédures du Statut de Rome, ou affecter l’intégrité de la Cour. »
